疾病控制机构作为公共卫生的一部分，在经过多次机构改革后，职能并不完全清晰，其组织行为既有政府行为也有企业行为，加上多数地方政府对各级疾病控制机构投入不足，提高疾病控制机构的效率、效果非常必要。开展绩效评价，有利于系统完善外部评价机制，为政府制定和实施公共卫生政策，进行全方位监管提供依据，更好地为社会服务。

　　考核应全面反映公共卫生绩效。在新公共卫生理论的指导下，各国对公共卫生的关注增加。对公共卫生绩效进行测定与评价从上世纪90年代开始，这种绩效的评价多针对地方公共卫生行政部门展开，也对公共卫生的基本功能进行评价。公共卫生的基本功能包括：社区卫生状况监测，卫生问题或危害的诊断和调查，健康促进与教育，动员社区合作，执法保证健康安全，联系人群的个人卫生服务需求，保证合格的卫生人力资源，评估服务的效果、可及性、质量，对新问题的洞察能力和解决能力等。

　　怎样才能够更好地测定公共卫生绩效，这些特殊的指标能否测定公共卫生的基本功能，如何完整测定公共卫生的基本功能，哪些指标是多余或无关的，哪些指标没有包含，却又是不能省略的，指标的有效性如何，能否更全面地反映公共卫生绩效，这些都是选择绩效评价指标的基本原则。

　　绩效应按公共卫生整体功能设定。绩效评价应该从结构、过程和结果三个方面考虑。现阶段疾病控制机构绩效管理涉及疾病控制机构各个业务方面，应强调定性与定量分析相结合，强调可操作性。从指标看，我国疾病控制机构绩效评价多依据现有科室设置职能来确定绩效指标，而不是从功能上予以评价。目前我国疾病控制机构职能定位不清，既承担了疾病预防与控制的业务工作，又在政策制定、督导检查等方面代替行政部门行使管理职能；绩效按照内部机构设置来确定而不是按照公共卫生整体功能，直接影响了绩效评价的作用。结构上有区域指标和单位指标，而缺乏整体公共卫生指标。如居民卫生需求指标、健康指标，而这些都是国际上通行的对公共卫生体系的评价内容。疾病控制系统的绩效涉及卫生行政部门、社区卫生组织、健康保险体制、教育人才培养、经费投入等，更重要的它是卫生政策的计划、发展、执行与评估的一项内容。一些区域性指标考核疾病控制机构的指标并不妥当，如传染病漏报的标准等。一些关键指标方面缺乏科学性，如结核病的直视督导短程化疗等。另外一些指标则因为职能的划分难以实施，如健康危险因素监测等。通过投入来看产出，目前多数基层疾病控制机构经费投入不足，如果缺乏经费，实际工作没法开展，考核最后可能变成纸上谈兵，这可能是基层疾病控制机构绩效评价隐藏的危机。此外，对重大传染病和非传染病疾病的绩效评价指标方面有待进一步完善。

　　绩效评价对决策和行为有非常明显的影响。绩效评价是一把双刃剑，良好的绩效体系能够激励和强化“好行为”，从而获得期望的效果；不良的绩效体系，也会不断强化和鼓励 “坏行为”。 期待绩效管理能够解决现阶段疾病控制机构投入不足、职能不明、冗员严重、专业混岗、效率低下等问题。