现代医院管理制度涉及治理和管理两个层面。管理指的是院长如何管理公立医院，而治理则是指政府或者是政府的办医机构对公立医院管理团队施加影响，以确保办医目标实现程度最大化和代理成本最小化的机制。公立医院治理有四项核心内容：治理主体的构建、治理职责的配置、代理人（院长）的选择以及代理人（院长）的激励约束机制。当前，我国公立医院治理中，这四项核心内容都存在一些弊端，需要逐步改革完善。
  治理主体要明确  

当前，我国公立医院治理主体存在一个明显的问题，就是办医职能高度分散、权责不一致。政府作为公立医院的所有者，最核心的权力，是资产的管理处置权和代理人（院长）的选择权。就资产管理处置而言，其权力在各级财政部门，而在我国的干部管理体制下，省级及以下的绝大多数公立医院管理层的选拔任用权是在地方各级组织部门，代理人选择权也因此分散。在这样职权高度分散的情况下，就会产生多委托人委托代理，导致治理无效。
  要解决治理主体不明、权力分散的问题，就要构造一个统一的治理者，即明确办医主体，逐步建立一个统一、高效、权威的管人、管事、管资产、管绩效的公立医院举办机构。这个机构性质可以是事业单位、法定机构或行政部门。公立医院的实质是提供公共医疗卫生服务的机构，如果卫生部门定位为政府的卫生主管部门，无论从逻辑上讲，还是从国际经验上来看，公立医院的治理职能不应该在卫生部门之外。
  让权力各归各位  

权责配置要注意两个问题，即放权不足与放权过度的问题。我们现在关注较多的是放权不足方面，而对放权过度的问题则关注不够。放权不足的问题，主要涉及组阁权、人事权、收入分配权等。权力下放过度的问题则表现在医院管理层的薪酬确定、对外投融资、功能定位等方面。以院长为首的管理团队，作为办医主体的代理人，其薪酬必须由委托人来决定，即必须由政府或政府办医机构来确定，不能由代理人自己确定。对外投融资权，会改变公立医院的资产结构甚至改变所有制，这是所有者的权力而不是管理者的权力。公立医院的功能定位，实质是政府向社会提供什么样的公共医疗卫生服务的问题，这也应是政府或办医机构的职权，而不是院长职权。
  所以，好的治理机制应该让医院所有者和代理人划清权力的界线，让权力各归各位。应考虑公立医院所处制度环境、功能任务、目标等因素，合理确定放权的范围和程度，在提高运行绩效和控制代理成本之间取得均衡。在不影响公益性的前提下，应该尽可能多地放权，使公立医院能够灵活回应社会需求、合理调配资源、提高运行绩效。但是，一些特定的权力，比如功能定位、基本建设、大型设备购置、投融资、管理层薪酬确定，应该回收到政府或政府办医机构。
  院长专业化职业化  

代理人即院长的选择，主要应避免两个问题，一个是非专业化，一个是非职业化。非专业化就是选拔任用公立医院管理层，更多强调医疗专业能力，而不是基于医院管理的专长。非职业化就是管理层通常是管理与业务一肩挑，没有把主要精力放到管理上，也没有把管理作为长期的职业方向。而当前我国公立医院院长选拔中，这两个问题恰恰是管理科学化、专业化、精细化的最大制约因素。
  因此，解决的办法也包括两个方面。一是专业化，即通过培养和选拔机制（范围、方式、标准），使专业化的院长能够大量产生并脱颖而出。二是职业化，即通过建立激励机制和维护机制（包括薪酬、任期制等的调整），让其愿意终生从事医院管理工作。
  激励与约束都到位  

激励约束方面，当前存在的主要问题是既存在激励不足，即医院管理劳动的价值缺乏明确规定与体现，院长的薪酬待遇还不如其在临床岗位高，因此其全心投入管理、提高管理能力的动力不足；同时又存在约束不足，即对医院管理的过程与结果，缺乏明确的目标和标准，缺乏章程约束，缺乏绩效评估体系。
  解决激励不足的问题，年薪制是一个可行的办法。参考同类管理岗位的市场薪酬水平，合理确定医院院长的薪酬待遇。健全约束机制方面，可以通过医院章程、绩效管理合同、工作计划、全面预算管理等事前约束机制；党委会、院务会、职代会以及各种专业委员会等医院内部的事中约束机制；理事会、监事会、专业监管机构、会计师委派、审计师委派、财务监管与审计监督、行政监察、信息披露、公众参与等医院外部的事中约束机制；绩效考核制度、问责制度等事后约束机制，对院长进行系统、有效的约束和问责，确保院长忠诚高效地完成政府的办医目标。