全国医院信息化建设从整体上来说，目前还处于先知先觉的自觉行动，而想要取得进一步发展，势必要由自觉性向强制性转变。信息化建设的本质是一种管理模式建设，它涉及到的管理模式不再是拿着信息化去做那些传统的事情，而是要对流程进行优化、对组织进行重构，实现信息化与精细化管理的融合，这样才是信息化的一种提升。
  
  从医院管理的角度来看，信息化在最开始是纯投入无产出的事物，需要从上而下通过强制手段来推动。
  
  从厂商角度来看，也存在多方面的问题：
  
  第一，是技术壁垒。
  
  最大问题就是没有一家能够提供完整的合理的解决方案。面对不同标准不同语言开发出来的产品，要把他们在一个平台整合起来，会遇到很多难题，这将涉及异构软件的整合问题。
  
  第二，是商业壁垒。
  
  医院引进不同厂商的不同软件，这又会产生与原有系统接口的问题。比如，引进来的电子病历、PACS系统无法与HIS系统连接起来，医生做一项工作要在两个系统上完成，甚至是要在不同电脑上进行操作，各家公司之间的商业竞争以技术壁垒表现出来，影响医院信息化程度。如何解决软件融合度也是信息化建设过程中遇到的一大难题。再加上医院领导认识水平上的不同，是否把信息化建设当做是一种管理水平和管理基础、手段进行建设，其结果是大相径庭的。