随着市场经济越来越多的介入到医疗领域，医院的经济管理地位越来越重要。医院的经济管理已不再视同于财务会计的具体工作，而是作为一种涵盖财务管理，内涵与外延极大扩展的科学管理方式。这让目前仍在坚持传统不知进取的医院产生了许多困惑，也出现了许多问题：
  
  1、没有发挥经营管理职能
  
  信息时代和网络经济的出现：一些医院仍坚持传统的会计核算过程中，缺乏信息技术支持，专注于简单的重复以后，包括收入，物资的进入，进入的问题 ，银行对账单输入耗费了大量的人力，做重复的工作。会计监督职能的控制功能，管理功能没有充分发挥，会计的工作做得还不够，改善因缺乏信息支持。切实提高管理水平，利用信息技术实现了财务会计职能，这是必要的，但也实现了管理会计的控制和决策支持功能。
  
  2、缺乏控制
  
  传统的管理方法，财务工作侧重于事后核算方面，缺乏事中控制，不能真正实现流程管理的要求，风险非常大。医院系统的流程管理系统提出明确要求，需要进行风险控制。缺乏有效控制工具的情况下，系统很容易流于形式，不能真正起到规范业务流程、加强内部控制的作用。医院的资金预算管理，实施范围，有 自己的要求，缺乏有效控制范围以外的支出，可能是因为疏忽或故意发生的，但它是很难被监管部门发现的。运用软件的实时控制预算，则能避免这些漏洞。