通知称，除精神专科继续采用按床日付费，儿童白血病和先天性心脏病、终末期肾病、妇女乳腺癌和宫颈癌、重性精神疾病、耐药肺结核、艾滋病机会性感染8种重大疾病补偿政策仍然按原规定执行，其余住院病例均纳入按病种付费管理。三级医院各病种的变异率不得超过20%，二级医院各病种的变异率不得超过15%。变异病例的统筹基金单独支付。

　　通知称，按照“定额包干、超支自付、结余归己”的原则，医保经办机构按照统筹基金定额标准支付给定点医疗机构。统筹基金实际发生数超过定额的，超支部分由医院自行承担；低于定额的，结余部分作为定点医疗机构的医务性收入。开展全部按病种付费工作的定点医院2016年发生的医疗费用，医保经办机构先按现行标准及程序按月预付，年终时按病种付费定额标准结算。