人力资源管理与绩效制度有着密切的联系。世界银行经济学家指出：公立医院效率低下、患者不满、资源浪费、人才流失等问题，是由其不能根据医院的绩效进行赏罚、没有改变医院行为的有效措施、缺乏改善绩效的运行动力等特定制度环境所引发的。我国目前公立医院运行管理虽有以上制度环境的特征，但是从根本上说“医疗效率并不低下”，近年来规模扩张、病人收治大幅度增加就是明证，大型公立医院的医生很少有自愿离开到私立医院的现象也可以说明一些问题。
　　“医疗效率并不低下”的一个深层次原因，是公立医院实际存在着明暗两套绩效激励指标：正式组织指标(绩效评价指标)和非正式组织指标。就前者绩效奖金而言，不同医院或科室可高到一、两万元或低到一、两千元之间不等；后者包括临床、医技等一线工作人员的“红包”，不合理用药、检查和药品回扣、收治病人给予“介绍费”等的“灰色收入”，虽然具体数额难以计算，但可以肯定，全国范围统计，是一个目前情况下国家财政无法补贴的数目。
　　表面上，多数公立医院管理者在沾沾自喜，盲目炫耀：“看，我医院的病人收治年年攀升、医疗收入如何升高！”但明眼人心知肚明，其深层次的由来主要并非是医院绩效政策的激励结果，而是医生那“一点点”的“灰色收入”。1000元扣款的处罚仍不能“大见成效”或“初见成效”，足可见这“一点点”之力度了，这其实是支撑公立医院医师积极性的主要动力。正如有的医师所说，“如果连这么一点都没有了，现在的待遇如何能养家糊口，多数都到私立医院干了”。
　　这种个人的行为与期望和以工作岗位、职责范围便利谋取私利的现象，弱化了医务人员接受培训、晋升的进取心，也增加了对医务人员人事管理的难度。一些医院医师晋升为三级医师后不愿被聘任，因为二级医师有更多的实惠；医师拒绝进修、不愿提升；一些医生只愿坐门诊，不愿下病房，曰：门诊病情轻，责任小，开药就有“回报”；临床医师轻视管理岗位、行政中层干部选拔频频遭受冷遇……也印证这样一句话“没有钱是万万不能的，但（阳光激励的）钱不是万能的”！
　　所以，公立医院改革要正视、分析这两种“激励”的博弈现象。公立医院的补偿怎么补？如何补？补多少？在操作层面上还大有学问。应疏导和堵截并重，标和本并治，同时从院内“小”机制和院外“大”体制找原因，寻良策。